Tüp bebek tedavilerinde kontrollü yumurtalık uyarılması sorası yeterli sayıda yumurta elde edilmeye çalışılmaktadır. Takiben klasik in-vitro fertilizasyon (IVF) veya intrasitoplazmik sperm enjeksiyonu (ICSI) (mikroenjeksiyon) yöntemi sonrası embriyo oluşturulur ve kültüre edilir. Transfer edilen embriyo sayısı kadının veya çiftin tercihlerine, önceki gebelik ve düşük öyküsüne, kadının yaşına ve embriyoların kalitesine bağlıdır. İlk IVF tedavisinde ki genç kadınlara (35 yaş altı) genellikle bir embriyo transferi yapılır iken birden fazla IVF denemesi sonrası gebeliğe ulaşmada başarısız olan ya da 35 yaş üstü kadınlara gebelik şansını artırmak için iki embriyo transfer edilmesi önerilir. Böyle bir durumun çoğul gebelik riskini de artıracağı aileyle konuşulmalıdır.
Transferden bir gün önce embriyoloji laboratuvarda embriyoların bulunduğu transfer medyumu dengelenir. Ayrıca transferden önce vajina temizliğinde kullanılacak medyum inkübatör’e koyularak hazır hale getirilir. Bu arada embriyo transfer saati belirlenir ve mutlaka hastaya bildirilmelidir. Embriyo transferinin yapılacağı günün sabahı embriyolar transferden 30-45 dakika önce yeniden değerlendirilir ve transfer için seçilen embriyolar önceden hazırlanan yeni kültür transfer medyumuna geçirilir. Embriyo transferinde kullanılacak malzemeler bir miktar ısıtılır.
Transfer öncesi hastanın idrar torbasının dolu olması sağlanır. Embriyo transferi sırasında tüm ekip maskeli ve keplidir. Hasta işlem için jinekolojik masaya alınır. Vajinal spekulum yerleştirilerek bir gün önceden hazırlanan medyum ile vajina temizliği yapılır. Serviks ağzındaki mukus temizlenir. Transfer öncesi mutlaka hastaya sorularak hasta kimliği doğrulanır. Takiben deneme kateteri ile ultrasonografi rehberliğinde uterin kaviteye giriş yapılır. Böylece embriyo transfer kateterinin nasıl olması gerektiğine karar verilir. Genellikle yumuşak kateterler kullanılır. Tüm işlemler ultrason rehberliğinde yapılır ki embriyo taşıyan kateter hem kolayca rahim içine ulaşabilmekte hem de kateter ucunun net olarak görülmesi sayesinde embriyoların bırakıldığı yerin ayrımı yapılabilmektedir. Tüm işlemler ağrısızdır ve anestezi ihtiyacı yoktur. Transfer boyunca embriyolog tüp bebek hekimin yanında kalır, transfer işlemi bitimini takiben embriyolog transferin gerçekleştirildiği kateteri alıp inceler. Böylece kateter içinde embriyo kalıp kalmadığı ve kateter ucunda kan veya mukus olup olmadığı kontrol edilir ve hekime haber verilir. İşlem sonrası hastanın en az 10 dakika kadar jinekolojik masada sırt üstü yatması sağlanır. Transferden sonraki ilk 3 gün hastanın ağır iş yapmaması, cinsel ilişkiye girmemesi ve çoğunlukla istirahat halinde olması tavsiye edilir. İşlemden 12 gün sonra gebelik testi yapılır.
Operatör deneyimi, prosedürün başarısında önemli bir faktör olmaya devam etmektedir. Birden fazla embriyonun transfer edilmesi hamilelik şansını artırır, ancak aynı zamanda çoğul gebelik şansını da artırır. Embriyo transferindeki güçlükler ve özensizlikler gebelik oranlarını azaltabilmektedir. Sert katater kullanımı, servikal dilatasyon gerekmesi ve tenekulum kullanımı gibi durumlarda gebelik oranlarının azaldığı gözlenmiştir. Servikal mukusun aspirasyonunun gebeliği artırabileceğine dair çalışmalar mevcuttur ancak kanıt düzeyi yüksek yeterli veri yoktur. Transferin ultrason rehberliğinde yapılması günümüz tüp bebek pratiğinde oturmuş bir uygulamadır ve gebelik ve canlı doğum oranlarını artırdığı gösterilmiştir. Embriyo transferi sonrası yatak istirahati önerilmesinin veya fiziksel aktivitenin kısıtlanmasının ise gebelik oranlarını artırmadığı kabul görmektedir.